Против Николая Шалонина прокуратурой области утверждено обвинительное заключение по уголовному делу по обвинению в превышении должностных полномочий. По версии следствия Шалонин, исполняя обязанности главы администрации Бежецкого района, в декабре 2009 г. и в октябре 2010 г. заключил соглашения с кредитным потребительским кооперативом «Капитал», по которым на счёт данной организации из бюджета района в качестве субсидий были перечислены 1 миллион 600 тысяч рублей.
Эти деньги предназначались для выполнения задач долгосрочной целевой программы Тверской области «Развитие малого и среднего предпринимательства Тверской области на 2009-2013 годы» и районной целевой программы «Поддержка развития малого и среднего предпринимательства Бежецкого района на 2008-2010 годы».